Fogo. Labaredas até onde a vista alcançava. Chamas que levavam o fedor da morte até aos confins da Terra. Sons de gritos e uivos que se envolviam nas brasas e consumiam o lugar vagarosamente. A sensação insuportável das chamas a lamberem o corpo, enquanto a temperatura desumana obrigava mesmo os mais resistentes a cair e a sucumbir. Estas foram as primeiras memórias da vida de Shirou. Qualquer coisa que ele seja – ou tenha sido – foi perdida naquele fatídico incêndio. Ele não tem memórias ou recordações da época anterior àquilo, antes de estar rodeado por este turbilhão infernal e interminável. A sua família, os seus amigos. Nada. A sua casa tinha sido engolida pela guerra, ou talvez por um desastre natural catastrófico; mas seja o que for, resignou-se até a morte ao forçar o seu caminho através do inferno. Durante horas, o pequeno garoto caminhou por pilhas de mortos que queimavam diante dos seus olhos. Eventualmente, ele próprio caiu, pronto a enfrentar a sua própria morte enquanto era lentamente enterrado por escombros e cinzas. Até que, de repente, uma figura solitária escavou os destroços, libertando Shirou da ruína. Dessa maneira, o pequeno garoto mirou o homem de cima a baixo, vendo a cena de um adulto que chorava incontrolavelmente enquanto pronunciava as mesmas palavras incontáveis vezes. “Ele está vivo!” e “obrigado!”, e o sujeito exclamava que era ele que tinha sido salvo. Ele estava mais feliz por ver que aquele menino coberto de cinzas estava vivo do que o próprio Shirou estava feliz por estar vivo. Esta foi a primeira vez que o garoto pôs os olhos no homem conhecido como Emiya Kiritsugu. Um ninja, um célebre assassino, famoso pela sua capacidade de abater qualquer alvo, especializado na arte do assassinato. No entanto, ao olhar para Kiritsugu, Shirou viu apenas o rosto de um homem bondoso, que simplesmente queria salvar uma vida daquele fatídico Inferno.
Após um clarão ofuscante de luz e subsequente inconsciência, Shirou viu-se deitado numa cama de hospital olhando para um teto de azulejos límpidos. Tinha sido salvo das garras do desastre que quase lhe custou a vida, mas era um dos únicos sobreviventes. Um sobrevivente de um evento que ficou conhecido como "O Grande Fogo". Passaram-se horas enquanto ele olhava em branco pela janela, ainda a processar o fato de ter sobrevivido, digerindo as visões flamejantes e os sons de pânico daquele dia. Pouco tempo depois, o homem que o salvou apareceu e apresentou-se dizendo seu nome: Emiya Kiritsugu. Ao fazer isso, ele foi direto ao assunto, perguntando se gostaria de ir para um orfanato ou de ser levado por ele. Shirou virou a cabeça para o lado, ainda cambaleante dos acontecimentos que tinham acabado de ocorrer, no entanto, ao olhar para o homem trajado de preto, que estava tão próximo, não pôde deixar de admirá-lo, esquecendo-se momentaneamente dos horrores a que tinha assistido. Olhando mais de perto para ele, e quer pudesse ou não confiar num completo estranho, Shirou contemplou o seu futuro. Mas ele lembrou-se, este homem não era um completo estranho. Ele arriscou a sua vida dentro das chamas só para poder salvar a sua vida. Se era esse o tipo de homem que Kiritsugu era, Shirou estava mais do que pronto para depositar a sua confiança nele. Assim, o garoto fez um gesto com a mão, apontando para o homem desgastado e de aspecto desalinhado em vestes negras. O homem, por sua vez, não pôde deixar de sorrir, quase a cair novamente em lágrimas, incrédulo com a escolha do jovem. Shirou devia sua vida a Kiritsugu, por isso tomou a decisão. Ele iria com ele. Mas antes de se preparar, o homem parou, dizendo que, antes, havia algo que ele tinha de saber. Ele revelou a Shirou que era um shinobi, especificamente um assassino altamente qualificado, que visava principalmente matar outros shinobi. Havia alguns que poderiam tentar atingi-lo através do Shirou, por isso Kiritsugu achou que era justo falar no assunto. No entanto, apesar de esta ser a verdadeira face de Kiritsugu, Shirou não se importou. Mesmo que isso significasse que a sua vida seria posta em perigo por estar diretamente ligado a Kiritsugu, o jovem continuaria a ir com ele. E assim começou a longa e dolorosa vida de Shirou Emiya.
Crescer dentro da casa de um conhecido assassino não era tão mal como se pensaria. Embora Shirou tivesse ouvido coisas terríveis e aprendido muito sobre Kiritsugu com outros, Shirou pôde viver com ele de forma completamente "normal". Se viver sob o teto de um conhecido assassino e de um ninja altamente hábil poderia ser considerado parte da normalidade... Claro que Shirou queria seguir os passos de Kiritsugu, não como um assassino, mas como um ninja. Se tornar-se um shinobi significava que podia ajudar qualquer pessoa, mesmo das mais pequenas maneiras, assim ele o faria sem pensar duas vezes. Tendo isso em mente, pediu a seu pai adotivo que o ensinasse os segredos da arte ninja. De início, Kiritsugu estava hesitante em expor o pequeno garoto ao mundo shinobi, mas se era isso que ele queria, dificilmente Kiritsugu conseguiria detê-lo. Enquanto o homem começava os preparativos, Shirou ajudava os seus vizinhos e amigos em tarefas domésticas, como cozinhar refeições, limpar suas casas, e outras pequenas tarefas como estas. Era apenas da sua natureza tentar ajudar os outros, por mais pequena que a tarefa parecesse. De fato, ele parecia gostar dessa condição. Por vezes, outros aproveitavam a bondade de Shirou, mas ele permanecia ignorante, ou talvez inocente, à estas influências manipuladoras. Ao invés disso simplesmente cumpria com qualquer tarefa que lhe fosse pedida por sua livre vontade. Também aprendeu bastante sobre kyūdō, se tornando uma prática rotineira nos dias ensolarados. Assim, a vida do Shirou foi boa durante algum tempo, mas nada de bom durava para sempre. Eventualmente, os pecados da vida de Kiritsugu apanharam-no. No início não era perceptível, mas o assassino aposentado estava morrendo de causas desconhecidas, se perdendo para os seus próprios pensamentos e muitas vezes falando do seu passado e dos seus muitos arrependimentos. Uma dessas falhas era a sua incapacidade de salvar "todos", acreditando ser correto salvar os muitos, ou mais especificamente, sacrificar os poucos para salvar os muitos, mesmo que aqueles que lhe eram mais próximos estivessem nessa minoria. Pouco antes da sua morte, Kiritsugu e Shirou conseguiram forjar uma memória final juntos, uma que moldaria o futuro do jovem Emiya. Sentado no pátio interior da sua casa, Kiritsugu estava, uma vez mais, perdido nos seus próprios pensamentos. Ele falou do seu sonho de infância, querendo tornar-se um "herói da justiça". A versão final, totalmente idealizada de um herói capaz de salvar todos no mundo, independentemente de quem fossem, independentemente das provações que teriam de suportar para atingir esse objetivo. Ele prosseguiu, mencionando como tinha de enfrentar a realidade e que era cada vez mais difícil manter esse sonho, o seu ideal, à medida que crescia. Era, em suma, uma ideia infantil, uma utopia hipócrita e sem sentido. Dobrando os braços em contemplação, Shirou murmurou e suspirou em concordância com a declaração de seu pai adotivo. Kiritsugu fechou os olhos, e soltou um suspiro silencioso, quase desapontado com a aparente aceitação do seu destino. Mas então, logo que Kiritsugu se resignou à sua sina, Shirou arregalou os olhos e declarou que, uma vez que Kiritsugu era incapaz de o conseguir, ele próprio iria tornar-se um herói da justiça. Assim que o ouviu, os olhos de Kiritsugu abriram-se, fixando-se quase completamente perdidos na sua admiração pelo jovem. Esta declaração inocente, mas inflexível, foi uma declaração que moldaria o seu destino nos anos vindouros, no entanto a sinceridade da voz de Shirou convenceu Kiritsugu de que ele conseguiria fazê-lo. Com renovada esperança, e total confiança em Shirou, o assassino reformado subitamente faleceu ali mesmo, deixando Shirou para prosseguir o seu ideal herdado através de qualquer caminho que desejasse para o alcançar. Este foi o primeiro passo na longa e árdua viagem de Shirou para se tornar um "herói da justiça".
Com esse sonho em mente, Shirou começou a torná-lo realidade, primeiro ficando o mais forte que pôde, suficientemente forte para proteger aqueles que o rodeavam. O garoto inscreveu-se, então, na academia ninja de seu vilarejo, Sunagakure. Embora no início o progresso tenha sido lento, sentiu como se precisasse continuar cada vez mais: primeiro construindo o seu corpo, depois fortalecendo a sua determinação e a sua mente. Quando chegou a altura do exame de Genin, foi pedido a Shirou para realizar as técnicas básicas de transformação do chakra, e assim ele o fez com maestria, mostrando certa proficiência na arte do ninjutsu. Por algum motivo, o Controle de chakra do Shirou era excepcional para uma criança, além de mostrar uma ímpar reserva de energia e uma singular maestria com o elemento fogo, provavelmente a característica de uma linhagem sanguínea distante. O que se seguiu foi um caminho duro e longo, mas que ele percorreu sem arrependimentos. Ao sair vitorioso de missões, sem nunca recuar, Shirou ficou feliz ao desempenhar as suas funções, com suas habilidades. E, no entanto, com cada batalha que travou e missão que completou, pôde sentir que algo estava errado. Fez um grande esforço para que ninguém morresse durante as suas missões, sobretudo os seus aliados, chegando mesmo ao ponto de levar golpes pelos seus camaradas de luta, ou gastando enormes quantidades de chakra simplesmente para mostrar a sua determinação. Aos poucos, Shirou podia sentir que estava mudando, mas não conseguia identificar o real motivo dessa mudança. Ele, simplesmente, estava ficando estranho. Certo dia, teve como hipótese que, por estar a colocar-se sob grande tensão apenas para cumprir as suas próprias convicções de não tirar uma vida, ou melhor, não perder uma, ele estava lentamente a matar-se com a sua própria determinação. Mesmo assim, Shirou insistiria em prosseguir com esse estilo de vida, independentemente daquilo que lhe fosse ocorrer no futuro.
E assim, seguiu o aspirante a herói. Em seus sonhos recentes, via uma catástrofe global desconhecida, ameaçando acabar com milhares, se não milhões, de vidas inocentes. Ele via uma escolha impossível entre o mundo, ou os entes queridos de um homem... Um pacto sombrio, para sacrificar uma vida em nome de todas as outras... Não uma única respiração de hesitação, mas a que custo...? Iria ele morrer como traidor ou como herói? O futuro não estava gravado em uma pedra... Um prenúncio apocalíptico. Poderá este destino ser evitado, ou é uma inevitabilidade? Só o tempo diria...
Have withstood pain to create many weapons...
Os dias, os meses e os anos passaram. O garoto se fortaleceu, realizou missões em prol de seu vilarejo e participou de outras inúmeras empreitadas, sempre colocando em prática os ideais que cultivara desde a infância. Certa vez, o menino foi atraído ao deserto por uma jovem raposa, e através dela, foi capaz de conhecer a raça das kitsunes, criaturas mitológicas que são capazes de manipular ilusões. Após salvar a raposa das garras de um caçador e de seu grupo, ela – junto a sua líder – resolveu firmar um contrato com Emiya, engendrando uma relação de cooperação que duraria por anos a fio. Em outra eventualidade, Shirou foi enviado para uma forja no vilarejo para auxiliar na confecção de algumas armas, recebendo as instruções de Gin e Kaiba, dois mestres de forja. Ambos os ferreiros se impressionaram com o potencial adormecido no garoto, e assim, sugeriram que ele se tornasse um ferreiro. E assim foi feito. Logo após, semanas depois, Shirou foi novamente atraído para o centro do deserto do Vento; dessa vez, por um homem misterioso. Depois de um diálogo arrastado acerca de ódio e destino, o homem cortou o garoto com a lâmina de sua espada, concedendo-lhe uma marca negra que nascera no alto de seu pescoço: uma maldição. Então, o homem desapareceu sem deixar nenhum vestígio. Mais e mais dias se passaram, e nesse intervalo Shirou foi capaz de conhecer a Sombra da Areia, Altria Pendragon, e tomando certa admiração pelos ideais que a mesma seguia. Impressionado com a figura da Kazekage, o sentimento rapidamente se traduziu em uma grande confiança pela liderança da Areia. Novos dias vieram, e então, a marca que outrora o garoto havia recebido se fortaleceu ante a sua experiência de quase morte, enfrentando um grupo de bandidos chamados de Mentecaptos – sendo eles cultuadores do deus Jashin. As batalhas e missões somente tiveram uma breve pausa na vida de Shirou quando ele conquistou a sua forja pessoal, um lugar situado no mercado do centro de Sunagakure. Através dela e dos instrumentos que a oficina lhe oferecia, Shirou conseguiu aperfeiçoar suas habilidades de forja, construindo armas com diferentes aspectos e se tornando levemente reconhecido nesse ínterim.
Certa vez, durante o aniversário de falecimento de Emiya Kiritsugu, seu pai adotivo, Shirou preparou-se para realizar o ritual que fazia durante anos: prestar homenagens ao seu túmulo. Assim, ao tocar na lápide, o jovem é preso em uma ilusão pré-programada, uma técnica complexa que supostamente havia sido implantada pelo próprio Kiritsugu antes de sua morte ou, quem sabe, postumamente. Então, ele é levado para o mesmo lugar onde o homem falecera, no pátio interior de sua antiga casa. Lá, replicando o mesmo cenário que havia se feito no passado, o fantasma de Kiritsugu e Shirou conversam uma última vez, e é revelado ao garoto que ele não era um jovem comum, mas sim um descendente do clã Uchiha. Todo o incêndio que havia destruído sua família havia sido causado pelo próprio Kiritsugu, orquestrado às ordens de um grupo de pessoas que tinham como intuito acabar com essa família. Kiritsugu não revelou nada sobre o grupo e nem sobre os verdadeiros motivos do incêndio; mas apesar disso, Shirou lhe perdoou, fazendo nascer um ódio não pelo seu pai adotivo, mas sim por aqueles que o haviam levado a praticar aquela atrocidade ao contratá-lo como um assassino. Embora ele carregasse a culpa de matar toda a sua família, Emiya Kiritsugu percebera o mal que havia cometido e resolveu se transformar em um pai para o órfão daquele inferno: Shirou. Após o fim da ilusão e ter voltado para sua casa, aquela enxurrada de informações alcançou o garoto como o baque de um aríete. Ele teria que redescobrir as suas origens e tentar se adequar ao novo capítulo que se formava em sua história, tudo isso enquanto alimenta uma raiva crescente pelo misterioso grupo de assassinos responsáveis pela morte de seus pais biológicos. Embora parecesse difícil a primeira vista, tudo foi conduzido institivamente pelo garoto, se fortalecendo cada vez mais no processo.
O tempo novamente voltou a correr como de costume. Por vezes, Shirou tomava o protagonismo de algumas empreitadas, entre elas, a proteção do vilarejo ao roubo do banco principal e a rebelião dos fiéis em Sáron, uma cidade de fiéis jashinistas localizada no extremo deserto da Areia. Na primeira delas, Shirou teve grande ajuda de sua invocação Inari, sendo ela responsável por guiar sua estratégia com suas habilidades sensoriais. No fim, o garoto conseguiu impedir o avanço dos inimigos e recuperar o dinheiro roubado, além de prender os ladrões com grande sucesso. Na segunda empreitada, Emiya foi levado a seguir os Descendentes Vermelhos, grupo de jashinistas que caminhavam em direção à Sáron para reunir fiéis em nome do Pastor, líder dos religiosos. No entanto, após as desavenças entre os integrantes do culto, a cidade deflagrou-se em chamas e caos, e Shirou se viu obrigado a proteger quem visse pela frente. No fim, em meio à destruição eminente, ele conseguiu despertar o principal poder de sua linhagem, o dōjutsu Sharingan, e fortalecer ainda mais sua marca da maldição. Isso foi o bastante para que ele tomasse as rédeas da situação e, ao menos, saísse vivo da cidade repleta de religiosos inflamados pelo ódio. Quando retornou à Sunagakure, tendo completado a sua missão de investigar o grupo jashinista, os dias se passaram rapidamente. Semanas depois, com a derrocada e morte do Pastor, todos os fiéis da religião de Jashin foram mortos, e junto a isso, o mundo caiu em desgraça. Fome miséria assolaram o País do Vento, bem como as inovações tecnológicas encontraram seu fim. Tudo se tornou mais difícil, e até mesmo a melancolia pareceu invadir os corações das pessoas. Até mesmo Shirou não escapou disso, afinal, nesses anos que se seguiram, aconteceu uma coisa ainda pior.
Nessa ocasião, Shirou encontrou o homem que lhe havia concedido a marca negra em seu pescoço, a maldição que ele carregava desde muito tempo. Ele finalmente se apresentou como um seguidor da deusa Kiara Sessyoin, uma entidade antiga que era chamada de Bodhisattva Demoníaca. Segundo o homem, a morte dos seus pais biológicos havia sido orquestrada em prol do ressurgimento de Kiara, um ritual que oferecia o sangue e os olhos dos Uchiha falecidos. Por hora, o homem não iria enfrentar Emiya, uma vez que queria que ele despertasse um novo poder; mas o alertou para que deixasse que o ódio latente fluísse pelo seu corpo. Só assim o ritual poderia ser feito com os olhos de Emiya Shirou. O homem desapareceu, e como um gatilho que havia sido acionado na mente de Shirou, a raiva sob os seguidores de Kiara apareceu num átimo. Com o passar do tempo, ou melhor, dos anos, uma grande reviravolta atingiu a personalidade do garoto: a bondade, substituída pela falta de empatia; sua alegria, assomada por uma desconfiança; o luto por seu pai, os seus ideais heroicos; trocados por um ódio irreparável. Ainda que houvesse um fio de luz nos seus pensamentos, o seu âmago pareceu ser consumido por trevas cada vez mais. E não foi somente isso, seu próprio corpo pareceu acompanhar o estresse incessante e recebeu inúmeros colaterais: entre eles, mechas brancas nos fios de seus cabelos e uma espécie de coloração enegrecida no lado esquerdo do corpo. Shirou esperasse que toda esse mar de desgraça se aliviasse com a morte dos seguidores de Kiara, mas isso não aconteceu, tendo em vista que, após alguns anos se fortalecendo, conseguiu matar um cultista infiltrado em Sunagakure. Nessa mesma circunstância, o jovem recebeu o seu cargo de Tokubetsu Jōnin, ascendendo seu patamar no sistema shinobi. Contudo, ainda que a vila lhe oferecesse todo o conforto, novas influências seriam feitas nos pensamentos do Uchiha: deixar o vilarejo e seguir Altria Pendragon, a líder que esperava deixar Sunagakure e ingressar em uma organização nomeada Cabala. Se Shirou aceitaria a proposta, só o tempo diria.