Konohagakure (木ノ葉隠れの里, Konohagakure no Sato; literalmente, significa “Vila Oculta da Folha”) é a vila oculta do País do Fogo. Sendo a aldeia de um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Konoha também tem um Kage, conhecido como Hokage, como seu líder. O atual é Nathaniel Grey. Konoha se situa no fundo de uma floresta à base de uma montanha, esta conhecida como Monumento dos Hokage, no qual ficam gravados os rostos de todos aqueles que já ocuparam esse cargo de liderança.
Sunagakure (砂隠れの里, Sunagakure no Sato; literalmente, significa “Vila Oculta da Areia”) é a vila oculta do País do Vento. Sendo a aldeia de um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Suna também tem um Kage, conhecido como Kazekage, como seu líder. O atual é Hariken Kaguya. A própria vila se situa em um vale fortificado atrás de uma falésia de rochas, com a passagem para dentro e fora da vila restrita a uma única fissura entre duas delas, tornando a área muito difícil de ser atacada pelo solo.
Kirigakure (渦潮隠れの里, Kirigakure no Sato; literalmente, significa “Vila Oculta da Névoa”) é a vila ninja do País da Água atualmente. Sendo a aldeia de um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Kiri também tem um Kage, conhecido como Mizukage, como seu líder. O atual é Mei Ogosho. Em consonância com seu nome, Kiri está sempre rodeada por uma névoa espessa, o que, aliado às várias montanhas ao seu fundo, dificulta a sua localização por estrangeiros.
Iwagakure (岩隠れの里, Iwagakure no Sato; literalmente, significa “Vila Oculta da Pedra”) é a vila oculta do País da Terra. Sendo a aldeia de um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Iwa também tem um Kage, conhecido como Tsuchikage, como seu líder. A atual é ----. As cordilheiras rochosas que circundam todo o país fornecem a Iwa uma proteção natural, da qual seus aldeões se orgulham muitíssimo. A aldeia é constituída a partir de rochas e moldada em estruturas semelhantes a torres interligadas por pontes.
Kumogakure (雲隠れの里, Kumogakure no Sato; literalmente, significa “Vila Oculta da Nuvem”) é a vila oculta do País do Relâmpago. Sendo a aldeia de um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Kumo também tem um Kage, conhecido como Raikage, como seu líder. O atual é ----. Kumo se situa em uma cadeia de montanhas altas, e fica literalmente ocultada pelas nuvens. O Raikage trabalha em uma grande estrutura azul incorporada na montanha mais alta de toda a aldeia.
Hoshigakure (星 隠 れ の 里, Hoshigakure no Sato, que significa literalmente: Vila Oculta entre Estrelas) é uma região independente fundada pelo Primeiro Hoshikage, localizada no País dos Ursos. Hoshigakure foi formada algum tempo depois de um meteorito estranho, que os habitantes chamavam de "estrela", atingir sua localização.
Ishigakure (石隠れの里, Ishigakure no Sato, que significa literalmente: Vila Oculta nas Pedras) é a vila do País localizado entre o País da Terra e o País do Vento.
A Vila Cerâmica (陶の里, Chori no Sato) é uma pequena vila no País do Vento, perto da fronteira com o País dos Rios. Os arredores da vila não são tão áridos como a maior parte do país, sendo bem arborizados. Por seu nome, a vila era famosa por sua cerâmica, cuja argila era recolhida da área circundante.
Amegakure (雨隠れの里, Amegakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta na Chuva") é uma pequena aldeia oculta, altamente industrializada, localizada à norte do País dos Rios. Sua arquitetura é composta de vários arranha-céus metálicos com dutos ligados a eles, e linhas de energia labirínticas. Como o próprio nome sugere, chove quase constantemente devido a uma tempestade por cima da aldeia.
Kusagakure (草隠れの里, Kusagakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta na Grama") é uma vila fronteiriça com o País do Fogo. A vila é rica em florestas, algumas consistindo de cogumelos gigantes ou de bambu. Ela também tem muitos rios e desfiladeiros profundos.
Tanigakure (谷隠れの里, Tanigakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta nos Vales") é a vila oculta do País dos Rios.
A Vila Takumi (匠の里, Takumi no Sato, literalmente significa: Vila dos Artesãos) é uma vila que reside no País dos Rios. Takumi é conhecido por suas habilidades em fabricar armas, muitas das quais são vendidas para as aldeias ninjas do mundo.
Takigakure (滝隠れの里, Takigakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta por uma Cachoeira") é uma vila situada entre O País da Terra e o País do Ferro. Em termos de aparência, Takigakure assemelha-se em grande parte com estética do Sudeste Asiático.
Tonika-mura (トニカ村, Vila Tonika) é uma vila situada nos arredores da fronteira do País do Fogo. Tem Hachō Mura como vila vizinha e aliada.
Hachō-mura (ハチョー村, Vila Hachō) é uma vila situada nos arredores da fronteira do País do Fogo. Eles estão em termos muito amigáveis com Tonika-Mura.
O País do Ferro (鉄の国, Tetsu no Kuni) é gelado e coberto de neve. Ele está localizado entre três montanhas chamadas de Três Lobos (三狼, Sanrō). O país tem um poder militar extremamente forte, feito por samurais em vez de ninjas. É um País Neutro. Os shinobi têm uma regra desde muito tempo: não mexer com o País do Ferro.
Otogakure (音隠れの里, Otogakure no Sato, significa literalmente: Vila Oculta do Som) é a Vila Oculta fundada por Orochimaru. Se no passado esteve em guerra contra Konohagakure, agora vive um momento de paz com todas as vilas.
Yugakure (湯隠れの里, Yugakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta das Fontes Termais") está situada no País das Fontes Termais, entre o País do Som e o País da Geada. É uma vila muito próspera e pacífica.
A Vila dos Bambus (竹ノ村, Take no Mura) é uma pequena vila localizada no País das Fontes Termais, à sul de Yugakure. É cercada por uma floresta de bambu e, como tal, a maioria dos edifícios e bens da vila é feita de bambu.
Shimogakure (霜隠れの里, Shimogakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta na Geada") é a vila oculta localizada no País da Geada. Embora esta vila tenha um líder, ela é uma vila pequena e pacífica, tendo historicamente uma boa relação com Konohagakure.
Esta vila, apesar de não ter nome, é conhecida por estar escondida entre árvores especiais que produzem um efeito parecido com um genjutsu, protegendo assim a vila de invasores. Os moradores usam Bombas de Pimenta para conter os efeitos das ilusões.
Uzushiogakure (渦潮隠れの里, Uzushiogakure no Sato, literalmente significa: Vila Escondida pelo Redemoinho) era a vila shinobi do País dos Redemoinhos. Seus ninjas eram famosos por seu fūinjutsu ao ponto de levar à destruição na guerra. Hoje, aqui se encontram apenas ruínas da vila.
Tsukigakure (月隠れの里, Tsukigakure no Sato; Literalmente significa "Vila Oculta da Lua") é a vila oculta do País da Lua. Como ela não é uma das Cinco Grandes Vilas Ninja, ela não tem um Kage. Em vez disso, eles têm um chefe de aldeia. Apenas uma família comanda a vila há séculos, sempre passando a liderança do vilarejo à próxima geração de primogênitos. É um costume de Tsukigakure receber calorosamente suas visitas.
Nadeshiko no Sato (撫子の里, A Vila Nadeshiko) está localizada próximo ao País da Água. As famílias desta aldeia são organizadas através de matrilinearidade. É uma vila só de mulheres que, para se casarem, precisam achar um homem que, em uma luta, as derrotaria, tendo assim sua mão para o casamento.
Kayabuki no Sato (カヤブキ, A Vila Kayabuki) Próximo ao País do Ferro existe uma pequena vila oculta entre as florestas, vila esta chamada de Kayabuki. É um local muito utilizado para comércio dos mais diversos, tanto que existe até um ditado: "se o que você procura não tem em Kayabuki, é porque não existe". Kayabuki é uma vila visitada por todo tipo de pessoas, desde as classes mais baixas até a elite. Grandes autoridades abusam dos costumes de Kayabuki para organizar suas reuniões; jamais existirá um território mais neutro, sobretudo porque a vila é totalmente contra a violência dentro de suas fronteiras..
Ashihara (芦原) é uma ilha ao sul do País do Fogo com uma rica vegetação. Durante muitos anos foi considerada uma ilha abandonada até que a Senhora do Relâmpago decidiu investir nela como uma sede para a União Shinobi. Desde então, ela foi revitalizada para abrigar viajantes do mundo inteiro, além de moradores dentro da sua capital chamada Nakatsu (中つ). Esse é um ambiente neutro e um ponto de encontro para todas as nações, com florestas, montanhas, riachos, cachoeiras, comércio, bibliotecas, museus e até zonas de treinamento. Ao sul se encontra o Palácio de Ashihara (葦原宮殿) onde ocorrem os encontros de Senhores Feudais, Kages e Líderes afim de organizar os rumos da união.
Prisão Global (中性, Prisão Global) Um pequeno aviso aos renegados e outros ninjas que são incapazes de cumprir ordens: entre Uzushiogakure no Sato e Kirigakure no Sato, protegida e de acesso incrivelmente dificultado pelo alto mar ao redor, há uma prisão criada com o intuito exclusivo de encarcerar os piores dos piores. Recomenda-se muito cuidado, pois poucos saem de lá intactos! No entanto, para aqueles com bons fundos monetários, fica por aqui mesmo uma dica: os oficiais da prisão, em sua maioria, são bastante corruptos.
Yukigakure (雪隠れの里, Yukigakure no Sato, literalmente significa: Vila Escondida Entre a Neve) está localizada no País da Primavera, o antigo País da Neve. Apesar de não haver mais neve no local, os ninjas da vila são exímios manipuladores de gelo.